흡연은 소화기계의 모든 부분에 영향을 미쳐 속이 쓰리게 하거나 궤양을 일으킨다. 특히 십이지장궤양의 위험이 커지며 간에서 약물이 대사되는 과 정에 영향을 미친다.

우리가 섭취한 음식물은 구강, 식도, 위, 장을 거쳐 소화되고 흡수된다. 위는 위산이 분비되어 산성이며 장은 췌장에서 중탄산염이 분비되어 위에 서 넘어온 음식물의 산성를 중화시킨다. 담배를 피울 경우 췌장에서 중탄 산염의 분비가 줄어들고 위에서 위산이 많이 분비되어 궤양을 유발하는 것 으로 생각된다. 흡연자는 궤양, 특히 십이지장궤양에 걸릴 위험이 커지며 비흡연자에 비하여 궤양의 치유도 늦다. 또한 흡연에 의해 식도괄약근의 작용을 약화되어 위액이 식도 내로 역류돼 흡연자는 종종 속쓰림을 느낀 다.

흡연은 간의 효소에 영향을 미쳐 여러 약물의 대사를 촉진시키거나 지연 시킨다. 따라서 비흡연자에 비하여 약물의 효과가 떨어지거나 효과가 너무 강하게 나타나기도 한다. 기관지를 확장시키는 아미노필린(aminophyllin)을 흡연자에게 투여할 경우 비흡연자의 2배 용량을 투여하여야 효과가 있다. 흡연은 통증과 설사를 일으키는 크론씨병(Crohn's disease)에 걸릴 위험 을 증가시키며 담석이 생기는 것을 촉진한다는 보고도 있다.